1906年，清朝两广总督奉派刘士骥到南洋视学，在吉隆坡倡议兴办学堂，得到当地的父老响应，租借金榜亚答街3间新屋为校舍，创立尊孔学堂，后称尊孔学校。创办人包括当时的社会贤达，有陆佑先生，陈秀连先生，何小褚先生数十人等。
1920年，尊孔学校迁入兴建于八达岭山巅的新校舍，一间由两个四合院合成的双层巍峨大楼。它从此在阳光的爱抚下，在风雨的滋润中，坚定的屹立至到今天。学校的班级人数也逐年增加，直至1955年，全校共开82班，学生人数达3800余名，教职员有120余名，时为中马最大规模的学府。
1957年，为遵循我国马来亚独立后的教育体制，尊孔‘小学部’接受改制。1958年起，尊孔学校分为两间行政独立的‘尊孔中学’及‘尊孔标准型华文小学’（后来改称为尊孔国民型华文小学）。尊孔小学于1965年迁至位于新街场路的新校舍。
1962年5月1日，尊孔中学董事会向国家教育部申请改制为国民型中学，即刻被批准并由当日起生效，惟董事会将另办 独立中学以收容超龄生。
1963年起，尊孔中学即易名为尊孔国民型中学，继续以四合院大楼为主要校舍，还有与大楼相对的科学室与食堂。尊孔中学的余思庆校长留任校长一职，许多资深教师也同样的在职留任，计有赵炳连师、萧锦章师、张超榜师、饶小园师、谢金福师、叶维楚师、辛上图师、梁锡九师 、吴志芳师等十数位老师。
改制后的尊孔国中，在不友善及困难的环境下，努力的展开了‘十年树木、百年树人’的教育工作。改制后的尊孔国中，在校训‘勤 扑 勇 毅’的引领下，不断地为国家社会输送人才。如今他们都秉着校歌里‘建设国家 仔肩匪轻’的任务，在各自的领域里面，积极的为国家社会作出贡献。
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| 1920 年四合院落成 |
